En el suelo existe gran diversidad de organismos vivos: bacterias, hongos, nematodos, lombrices, etc. Todos ellos interactúan directamente con las plantas, el aire y el agua.
Los organismos del suelo son un elemento esencial de los ciclos de nutrientes, regulando la dinámica de la materia orgánica del suelo, la captación del carbono y las emisiones de gases de efecto invernadero, modificando la estructura física del suelo y los regímenes hídricos, aumentando el volumen y eficiencia de la absorción de nutrientes por la vegetación.
Especial relevancia adquieren los microorganismos que participan en la degradación de la materia orgánica y las transformaciones de nitrógeno, fósforo, potasio y azufre a formas más fácilmente disponibles para la planta. Esta transformación se conoce como HUMIFICACIÓN.
La fauna del suelo es muy variada y por tanto sus acciones sobre el suelo también, por ejemplo, los nematodos y lombrices pueden afectar a la planta pero benefician la estructura del suelo.